基因毒性杂质（也称遗传毒性杂质），通常是指能够引起DNA突变、染色体断裂或者DNA重组的物质，由于杂质的遗传毒性主要通过Ames试验界定，所以也称为致突变杂质，这类物质还可能导致肿瘤的发生。而基因毒性杂质的来源主要为原料药合成过程中的起始物料、试剂、中间体、催化剂和反应副产物等，此外，药物在合成、储存或者制剂过程中也可能因降解而产生基因毒性杂质。由于基因毒性杂质在很低的浓度下即可诱导基因突变，具有潜在的致癌性，故近年来业界对其关注程度也越来越高，ICH、欧盟、美国等药品监管机构也相继发布了关于基因毒性杂质控制和研究的指导原则。

　　因毒性杂质控制策略

　　由于对绝大多数的杂质而言，往往没有充分的基因毒性或致癌性研究数据，因为难以对其进行归类。在缺乏安全性数据的支持的情况下，这些指导原则采用”警示结构”作为区分普通杂质和基因毒性杂质。

　　目前，根据ICH指导原则将基因毒性杂质分为以下五类：

　　1已知的、具有诱变性和致癌性的杂质

　　2已知的、具有诱变性、但致癌性未知的杂质

　　3警示结构(与原料药结构无关)、诱变性未知的杂质

　　4警示结构(与原料药结构有关)、经测试无诱变性

　　5无警示结构，或警示结果有数据证明其无诱变性和致癌性

　　在杂质毒性评估方面

　　运用计算机辅助药物毒性评估及毒理学方法进行：

　　基于专家知识规则和基于统计学模型的杂质预测，利用QSAR软件对杂质进行毒性预测和分类

　　杂质的细菌回复突变试验

　　杂质的动物毒性研究：如4周大鼠重复给药毒性试验

　　动物毒性研究：如大鼠4周毒性研究用于超过一定水平的杂质

　　基因毒性研究小组在已有的方法数据库基础上，还建立了多种类型基因毒性杂质检测通用方法，包括以上常见的磺酸酯类、氯代烷烃类、苯胺类、硝基苯，多环芳烃等多种杂质类型，更多种类型杂质检测的通用方法开发还在持续中……