基因毒性杂质（也称遗传毒性杂质），通常是指能够引起DNA突变、染色体断裂或者DNA重组的物质，由于杂质的遗传毒性主要通过Ames试验界定，所以也称为致突变杂质，这类物质还可能导致肿瘤的发生。而基因毒性杂质的来源主要为原料药合成过程中的起始物料、试剂、中间体、催化剂和反应副产物等，此外，药物在合成、储存或者制剂过程中也可能因降解而产生基因毒性杂质。由于基因毒性杂质在很低的浓度下即可诱导基因突变，具有潜在的致癌性，故近年来业界对其关注程度也越来越高，ICH、欧盟、美国等药品监管机构也相继发布了关于基因毒性杂质控制和研究的指导原则。

　　由于对绝大多数的杂质而言，往往没有充分的基因毒性或致癌性研究数据，因为难以对其进行归类。在缺乏安全性数据的支持的情况下，这些指导原则采用”警示结构”作为区分普通杂质和基因毒性杂质。

　　基因毒性杂质最主要的特点是在极低浓度时即可造成人体遗传物质的损伤，导致基因突变并促使肿瘤发生。因其毒性很强，对药物的安全性造成强烈的威胁。由于基因毒性杂质控制不合规，已造成上市药品强行被召回，给企业造成了巨大的损失。例如：奈非那韦（甲磺酸盐）是一种用于HIV治疗的抗病毒药物，分别于1997年和1998年由FDA和EMA批准后上市。2007年6月，罗氏制药接到6名患者投诉DNA序列异常后，立即召回产品，EMEA暂停其上市销售。在后期内部调查时发现原料药存储罐中有残留的乙醇未清除干净，与甲基磺酸反应形成甲磺酸乙酯。之后罗氏对存储罐这一步工艺进行修正并在生产过程中增加对甲磺酸乙酯的控制，要求低于0.5ppm。EMA重新评估检查后，2007年10月才恢复其上市销售。因此，在该事件后，各国的法规机构ICH、FDA、EMEA等都对基因毒性杂质有了更明确的要求，越来越多的药企英格尔医药在新药研发过程中也重点关注基因毒性杂质的控制和检测。