美国国家标准与技术研究所NIST库（NIST）出版，NIST/EPANISTTNIH库、国家环境保护局（EPA）美国国立卫生研究所和美国国立卫生研究所和美国国立卫生研究所(NIH)共同出版。此外，还有Wiley库、农药库、药物库、挥发油库等专用质谱谱库。一般质谱库有10多万张谱图，还在不断更新。此外，用户还可以根据自己的相关领域建立自己的谱库。

　　检索谱库时，工作站通过峰匹配将样品质量谱图与谱库中的标准谱图进行比较。这种方法只有质荷比和相对峰强度两个变量。谱图检索是从大量化合物中筛选的过程。在标准电离条件（EI电离源，70EV）下，将分离的未知化合物谱与数据库中已知化合物的标准质谱进行比较，并根据匹配相似度的顺序列出可能化合物的名称、相对分子质量、分子结构等。对于具有相似或相同质谱图的化合物(如分异构体)，很难根据谱图识别组分。此外，当不同组分同时流出为色谱峰时，也会影响化合物定性的准确性。

　　对于相似度较低的组分，化合物的结构可以根据质谱图进行推断。质谱的裂解规律有助于分析和推断光谱库中不存在的化合物的结构。也可以通过标准产品比较、保留指数比较等定性方法来确认。

　　目前，近30万个化合物标准质谱图通常存储在色质联用仪数据库中。因此，GC-MS最重要的定性方法是库检索。任何组分的质谱图都可以通过总离子色谱图获得，质谱图可以通过计算机在数据库中搜索。检索结果可以给出几种最可能的化合物。

　　包括：化合物名称、分子式、分子量、峰值和可靠性。

　　GC-MS定量分析

　　GC-MS定量分析方法与色谱法定量分析相似。GC-MS获得的总离子色谱图或质量色谱图的色谱峰面积与相应组分的含量成正比。如果对某一组分进行定量测量，可以采用色谱分析中的归一化法、外标法、内标法等不同方法。

　　这时，GC-MS法可以理解为将质谱仪作为色谱仪检测器。其余的与色谱法相同，不同于色谱法的定量，GC-MS法不仅可以使用总离子色谱图进行定量，还可以使用质量色谱图进行定量，从而最大限度地消除其他成分的干扰。

　　值得注意的是，由于质量色谱图是由一种质量离子制成的，其峰值面积与总离子色谱图有很大的不同。在定量分析过程中，需要使用高峰面积和校正因素。

　　在GC-MS定量分析过程中，质谱仪常采用离子扫描法，以提高检测灵敏度，减少其它成分的干扰。对于待测组分，可以选择一个或多个特征离子，而这些离子不存在于相邻组分。通过这种方式获得的色谱图，待测组分没有干扰。同时具有较高的灵敏度。定量分析采用选择离子获得的色谱图。具体分析方法与质量色谱图相似，但其灵敏度高于使用质量色谱图，这是GC-MS定量分析中常用的方法