2006年，EMA发布了遗传毒性限度的指导原则，此后ICH、FDA以及我国的药品审评中心也提出了对基因毒性杂质的研究和控制方案。根据相关的指导原则，即使杂质的含量在规定的定量要求以下也需要对杂质进行毒性评估。

　　对化合物毒性评估是通过体外细菌毒性实验实现的，同时指导原则推荐使用杂质单体进行研究。然而，药物中的毒性杂质都是微量或痕量存在的，通过制备等方法获取杂质单体耗时长且成本高。

　　为此，FDA和其他公司共同开发了计算机软件用于评估化合物的毒性。此软件无需获取单体，对杂质的结构进行鉴定后，即可使用毒性评估软件评估杂质的结构是否存在警示结构。

　　在软件方面，FDA推荐使用MC4PC、MDL-QSAＲ以及Derk for Window等进行评估。为了对毒性得以准确性的评估，每种软件拥有特殊的算法和适用范围:

　　MC4PC软件是将待评估的结构拆分成2～3个(非氢)原子的结构碎片，再将这些碎片与已知毒性化合物碎片数据库进行比对，对杂质结构中的碎片做出了毒性累加得分并描绘结构的分子特征，最终生成一个全面而且专业的报告评估杂质的结构毒性。

　　虽然MC4PC能够从杂质的精细结构角度评估药物的毒性，但是其只能在已有的数据库中搜索相同的碎片进行比较，对多于一种未知碎片的结构却不能全面评估。

　　毒性化合物的研究结果表明毒性化合物结构中都存在着亲电子基团或可被激活为亲电子基团的结构，MDL-QSAＲ毒性评估软件是基于化合物的毒性和该化合物的亲电能力的相关性做出评估，这种软件可计算出化合物结构与其毒性的定量关系，同时可以预测体外细菌毒性实验的结果。

　　然而，为了达到对已知结构的杂质毒性的最准确评估，使用MDL-QSAＲ软件时需寻找到最适合的模型用以计算，因此在该计算软件提出后，有许多关于不同的数据模型以及对它们的评估的报道。

　　有些杂质虽经计算机评估结果为有警示结构的潜在毒性杂质，但由于评估软件在计算过程中会过分评估杂质的毒性，所以在判定药物杂质是否为毒性杂质仍需要进行体外细菌回复突变实验(Ames实验)或哺乳动物细胞分析，FDA对该实验的过程给予详细的说明。

　　3.3控制方法

　　根据EMA指导原则以及对指导原则问题解答，药物中所有存在的化合物均应该通过化合物毒性评估或符合指导原则的控制方法，同时为了确定潜在毒性杂质是否为毒性杂质需要进行Ames实验。