基因毒性杂质的限度确定是药物安全研究的重要内容。有潜在基因毒性的杂质根据其结构特征和毒理学数据可分为5类:已知有致突变性及致癌性的杂质、有致突变性但致癌性未知的杂质、含有与药物活性成分结构无关的警示结构但无致突变性数据的杂质、含与药物活性成分相关警示结构的杂质以及致癌风险高的特殊杂质。

　　基因毒性杂质是药物在合成、储存或者制剂过程中形成的能与细胞或生物体的DNA反应，对DNA有潜在破坏性的杂质，也包括一些结构上类似基因毒性物质但未经实验证明具有基因毒性的杂质。

　　基因毒性物质的特点是在任何暴露量下都有可能对DNA产生损伤，进而可能诱发肿瘤。因其毒性较强、潜在风险大，对用药的安全性有强烈的威胁。近年来在已上市药品中因为痕量的基因毒性杂质残留而引发的医疗事故和禁售事件也陆续被发现，如最早引发关注的甲磺酸奈非那韦事件和近两年出现的N-亚硝基二甲胺事件，因此人用药品注册技术要求国际协调会议(ICH)、欧洲EMEA及美国FDA等机构都陆续提出了基因毒性杂质研究策略和限度要求，我国国家药品监督管理局药品审评中心(CDE)也于2020年5月8日发布了《化学药物中亚硝胺类杂质研究技术指导原则(试行)》，为“关注杂质”的研究和控制提供指导，国内外医药机构在新药研发过程中也越来越关注基因毒性杂质的控制和检测。

　　杂质在化合物合成过程中是难以避免的，且种类多、分类困难，为了区分普通杂质和基因毒性杂质，各法规和指导原则普遍采用了“警示结构”的方法，将可能引起基因毒性的结构列入关注队列，含有这些基团的杂质通常被认为具有潜在基因毒性。化合物是否含基因毒性杂质可以通过化学反应机制来分析确认，实际产生的有明确遗传毒性阈值的杂质，可以通过制定限度标准将暴露水平限定在安全范围内;对于有潜在基因毒性的杂质，可通过查询“警示结构”数据库来确认，这类杂质由于没有充分的证据或实验来支持其阈值相关机制，所以无法确定安全剂量，需要进行药学和毒理学评估。

　　药学评估主要是选择适当的配方和生产策略，以避免或减少基因毒性杂质的产生，在遵循“合理可行的最低限量”(as low as reasonably practicable，ALAＲP)原则的基础上，再经过毒理学评估以验证其合理性。